1998年1月14日，浙江綠城足球俱樂部有限公司正式成立，曾樂明任總經理。由浙江綠城房地產公司發起，杭州錢塘房地產公司、浙江大學和浙江省足球協會參與組建，註冊資金1600萬元。
1999年，綠城正式組建一線隊，並參加了1999中國足球乙級聯賽。共23名隊員，包瀛福出任總教練。2000年，連續三年沖甲失敗的俱樂部斥資購買了延邊一隊，從而獲得了次年甲B聯賽的參賽資格。
2001年，作為「甲B五鼠」之一，遭到中國足協處罰。3月24日，綠魂球迷協會首次在黃龍東三看臺亮相。綠城足球隊因贊助商因素更名為「浙江三花綠城隊」。2002年首次闖入中國足協杯四強，創造了浙江足球史上的最好成績。2003年末代甲B劃上句號後，綠城任期最長的主教練王政上任。
2004年，成為中國足球甲級聯賽創始球隊之一。綠城足球隊更換贊助商，更名為「浙江巴貝綠城隊」。俱樂部遷入全新投入的綠城中泰足球訓練基地。2005年綠城青年隊教練王仕海成為歷史上首位國字號教練，出任U17國青隊教練。
2006年，承辦中甲聯賽開幕式，足協杯再次躋身四強，中甲取得亞軍並升上中超聯賽。2007年3月3日主場迎戰青島中能是隊史上首場中超賽事，最終獲得了第11名。
2008年，在經歷兩個無轉播賽季後，球迷再次通過電視看到了球隊的比賽轉播。2009年為了讓球隊有更多的歸屬感，更名為杭州綠城，最後獲得聯賽第15名，降級至中甲聯賽。
2010年2月初，因足壇反賭增補被降級的成都和廣州隊重回中超。綠城足球隊冠名為「杭州諾貝爾綠城隊」。在賽季前的轉會中在內援上連續引進了杜威、榮昊、汪嵩、李彥、孫吉五大新老國腳，而在外援方面也是買來了2009年的中超金靴拉米雷斯以及兩名宏都拉斯國腳薩比勇和帕拉西奧斯，從賽季初的5輪不勝僅積2分，到賽季中的5連勝、再到6輪不勝，然後在聯賽最後一輪鎖定前四，歷史性地沖入亞洲冠軍聯賽。
2011年，為確保第八屆全國殘疾人運動會籌備工作順利進行，杭州黃龍體育中心拒絕承辦杭州綠城的聯賽比賽，球隊的中超聯賽主場賽事全部遷至義烏與嘉興。
2011年10月，中超聯賽第27輪杭州綠城主場與江蘇舜天的比賽前，杭州綠城老闆宣佈由杜威、孫吉、汪嵩、矯喆、姜波、曹軒以及吳偉共7名球員組成隊委會指揮餘下的四場聯賽，以主教練吳金貴為首的教練組被架空權力，吳金貴仍是球隊的主教練，但由隊委會管理球隊，排兵布陣、指揮比賽都由隊委會全權負責。由球員直接指揮比賽，杭州綠城開創中國以至世界足壇的先河。
2011年12月24日，前日本國家隊主教練岡田武史正式入主綠城，成為綠城隊史第一位日籍主教練。2012年6月17日，貴州人和5比0擊敗杭州綠城，綠城創造中超最大比分失利紀錄[5]。
2014年12月2日，前日本國家隊主教練特魯西埃正式入主綠城，成為綠城隊史第一位法籍主教練[6]。2015年12月17日，前韓國國家隊主教練洪明甫正式入主綠城，成為綠城隊史第一位韓籍主教練，但是在2016賽季，杭州綠城排名倒數第二，降級至中甲聯賽。
2018年1月14日，俱乐部为庆祝俱乐部成立20周年，在20周年庆典上正式更名为“浙江绿城”。[7]同一季綠城長期排名積分榜第二，但最後一輪被梅州客家擊敗，積分榜排名降到第三，未能成功晉級中超。
2020年9月11日，浙江能源集團與綠城集團聯合召開新聞發布會。會上，浙能集團宣佈入股俱樂部50%股份加入浙江綠城足球俱樂部，成為俱樂部第二大股東。2020年9月11日，球隊名稱改為「浙江能源綠城足球俱樂部」[8]，原球隊投資者宋衛平退出球隊管理。同賽季浙江綠城足球隊成功晉級中超組並參加升級附加賽，但最後以總比分2-3敗北，無緣中超。
2021年2月26日，球隊發布公告：「根據中國足協《關於各級職業聯賽實行俱樂部名稱非企業化變更的通知》文件要求，經多輪篩選和研討，並報由省相關部門和中國足協審核、批準，即日起，『浙江能源綠城足球俱樂部有限公司』正式更名為『浙江職業足球俱樂部有限公司』。」[9][10]。本賽季浙江隊以中甲季軍收尾，並在附加賽中以1-0的總比分擊敗中超「副班長」青岛足球俱乐部，重返中超。
2022年12月31日，浙江队迎来中超赛季收官战，以4-0击败来访的武汉长江，这场胜利让浙江队以65个积分成为2022赛季的中超季军，不仅创造了队史最好成绩，也时隔12年重回亚洲赛场。
2023年8月22日，2023/24亚足联冠军联赛附加赛主场1-0战胜泰港队，晋级亚冠联赛正赛。
2023年11月4日，浙江队在客场2-1逆转绝杀上海申花，积分榜反超对手取得2023赛季中超季军，获得亚冠联赛二级联赛的参赛资格，连续两个赛季取得亚冠联赛资格，同时创造了中超15轮不败的战绩。
2024年9月30日，杭州市商贸旅游集团有限公司入股俱乐部60%股份，与持股40%的浙江省能源集团共同出资运营俱乐部，投资了浙江职业足球26年的绿城集团彻底退出。11月2日，随着浙江队客场2-2战平长春亚泰最终以11胜5平14负积38分获得2024赛季中超第7名[11]。12月5日，亚冠二级联赛第6轮，浙江队客场4:3佩西比万隆，获队史亚冠客场首胜，最终以3胜3负排名小组第三，无缘晋级淘汰赛[12]。
2025赛季，浙江队的前大股东綠城中國成为球队冠名商。